Paljude nakkushaiguste vastu saab end kaitsta vaktsineerimisega. Eesti immuniseerimiskava kohaselt vaktsineeritakse lapsi 14 nakkushaiguse vastu. Paraku on laste hõlmatus vaktsineeritusega olnud viimastel aastatel langustrendis (joonis 52) [94], eriti viimasel paaril aastal. WHO soovituslik hõlmatus leetrite, mumpsi ja punetiste vastu vaktsineerimisel haiguste elimineerimiseks on 95%. Aastaks 2024 oli hõlmatus nende haiguste vastu vaktsineerimisel Eesti kaheaastaste laste seas alla kriitilise piiri, olles esialgsetel andmetel 82,5% ning soovituslikku hõlmatust ei saavutanud mitte ükski maakond. Difteeria ja teetanuse vastu vaktsineerimise soovituslik hõlmatus on 95% või enam ning läkaköha vastu vaktsineerimise soovituslik hõlmatus on 90%. Ka nende haiguste vastu vaktsineerituse tase on langenud: 2024. aastal oli hõlmatus nende haiguste vastu vaktsineerimisel kaheaastaste laste seas samuti 82,5% ning soovituslikku hõlmatust ei saavutanud ükski maakond.

Lisaks muutus 2022. aastal vaktsineerimise andmete kogumise metoodika ehk mindi üle andmekogumisele tervise infosüsteemi põhjal. Sellega on ilmnenud vaktsineerimise andmete hõive- ja kvaliteediprobleeme. Vaktsineerimisega hõlmatuse tõstmiseks on vajalik tervise infosüsteemi edastatavate andmete 100% hõive ja kvaliteedi saavutamine, tervishoiutöötajate süsteemne koolitamine ja elanikkonna teadlikkuse suurendamine vaktsiin-välditavate nakkushaiguste ning vaktsineerimise valdkonnas.