Instituut

Tagasi

29. JAANUAR 2018

Viroloogia osakond

Viroloogia osakond on ainus teaduslik meditsiinilise viroloogiaga peaaegu 60 aasta vältel tegelev struktuurüksus Eestis.

Osakonna koosseisu kuulub kaks vanemteadurit, kaks teadurit, kolm nooremteadurit, kaks vanemlaboranti ja preparaator. Paljud töötajatest tegutsevad valdkonnas juba üle kümne aasta ning on tuntud ja tunnustatud ka väljaspool meie asutust. Neil on väga head teadmised ja kogemused eri metoodikate kasutamisest. 

Peamised uurimissuunad

Osakonna peamised uurimissuunad on zoonootilised patogeenid ja hepatotroopsed viirused.

Uuritakse puukidega levivate zoonooside tekitajate (puukentsefaliidiviirus, Borrelia, Rickettsia, Ehrlichia, Anaplasma, Babesia jt), hantaviiruste (Puumala ja Saaremaa viirused) ja hepatiidiviiruste (A-, B-, C- ja E) olemasolu ning levikut Eestis. Samuti uuritakse ringlevate emergeeruvate zoonooside ja viirushepatiitide tekitajate geneetilisi ja fülogeneetilisi omadusi.

Oleme ainuke uurimisrühm Eestis, kes tegeleb puukide ja nendega levivate haigusetekitajate uurimisega. Uurime:

  • milliseid puuke Eestis leidub
  • milline on nende levimus ja arvukus hooajaliselt
  • milliseid haigustekitajaid meie puugid levitavad 
  • genotüpeerime haigustekitajaid, võrdleme teiste tüvedega ning teeme fülogeneetilisi analüüse (kas on identne teiste Eestis ringlevate tüvedega; kus sarnased tüved ringlevad maailmas; kust eeldatavasti Eestisse saabus jne)

Osakonna teine uurimissuund on pühendatud inimeste hepatiidi- ja hantaviirustele:

  • E- hepatiididviiruse seroloogiline analüüs vereseerumist (IgG ja IgM antikehad) ning kinnitav ribatest
  • hantaviiruste (Puumala ja Saaremaa viiruste) seroloogiline analüüs vereseerumist (IgG ja IgM antikehad)
  • A-, B-, C- ja E-hepatiidiviiruse RNA tuvastamine, genotüpeerimine, teiste tüvedega võrdlus ning fülogeneetiline analüüs 

Osakond teeb koostööd Terviseameti, Tallinna haiglate ning Rootsi, Soome ja Venemaa teadusasutustega.

Teadustööde juhendamine

Osakonna teadustöötajate juhendamisel on edukalt kaitstud või valmimisel mitmed bakalaureuse-, magistri- ja doktoritööd. 

Doktoritööd:

  • Irina Golovljova, doktorikraad (2006): Viral Zoonoses in Estonia. Hantaviruses and Tick-Borne Encephalitis Virus: Identification, Prevalence, Serological and Genetic Relationships (Viiruszoonoosid Eestis. Hantaviirused ja puukentsefaliidiviirus: identifitseerimine, levimus, seroloogilise ja geneetilised seosed). Karolinska Instituut, Stockholm, Rootsi. Juhendajad: Veera Vasilenko (TAI), prof. A. Lundkvist (KI SMI)
  • Tatjana Tallo, doktorikraad (2008): Molecular epidemiology of hepatitis A, B and C in Estonia (A-, B- ja C-hepatiidi molekulaar-epidemioloogia Eestis). Karolinska Instituut, Rootsi. Juhendajad: Ljudmilla Priimägi (TAI), Valentina Tefanova (TAI), Helene Norder, Lars Magnius
  • Olga Katargina, doktorikraad (2011): Tick-Borne Pathogens Circulating in Estonia (Tick-Borne Encephalitis Virus, Anaplasma phagocytophilum, Babesia species): Their Prevalence and Genetic Characterization (Eestis tsirkuleerivate puukide abil ülekantavad patogeenid (puukentsefaliidiviirus, Anaplasma phagocytophilum, Babesia liigid): nende levik ja geneetiline iseloomustus). Tallinna Tehnikaülikool. Juhendajad: Irina Golovljova (TAI), Lilian Järvekülg (TTÜ)
  • Julia Geller, doktorikraad (2013): Detection and Genetic Characterization of Borrelia Species Circulating in Tick Population in Estonia (Eesti puugipopulatsioonis ringlevate Borrelia liikide tuvastamine ja geneetiline iseloomustus). Tallinna Tehnikaülikool. Juhendajad: Irina Golovljova (TAI), Lilian Järvekülg (TTÜ)
  • Vadim Brjalin, doktorikraad (2014): Chronic hepatitis C: predictors of treatment response in Estonian patients. Tartu Ülikool. Juhendajad: Riina Salupere (SA Tartu Ülikooli Kliinikum; Tartu Ülikool); Valentina Tefanova (TAI)

Magistritööd:

  • Jelena Knjazeva, magistrikraad (2017): Eestis ringlevate A-hepatiidi viiruse (HAV) tüvede geneetiline iseloomustus. Tallinna Tehnikaülikool. Juhendajad: Irina Golovljova (TAI), Lilian Järvekülg (TTÜ)
  • Maria Vikentjeva, magistrikraad (2016): Hantaviruses in Estonia (Hantaviirused Eestis). Tallinna Tehnikaülikool. Juhendajad: Irina Golovljova (TAI), Lilian Järvekülg (TTÜ)
  • Vlad Grigorjev, magistrikraad (2016): Hepatitis E virus strains detected in humans in Estonia. Tallinna Tehnikaülikool. Juhendajad: Irina Golovljova (TAI), Lilian Järvekülg (TTÜ)
  • Liidia Nazarova, magistrikraad (2014): Circulation of Borrelia spirochetes in tick and rodent population in four Estonian sites. (Borrelia spiroheetide ringlus nelja Eestimaa paiga puukide ja näriliste populatsioonis). Tallinna Tehnikaülikool. Juhendajad: Irina Golovljova (TAI), Julia Geller (TAI), Lilian Järvekülg (TTÜ)
  • Diana Moor, magistrikraad (2013): Molecular typing of hepatitis B virus (HBV) strains circulating in population of Estonian blood donors during 1998-2009 (1998-2009 a. Eesti veredoonorite populatsioonis ringelnud B-hepatiidi viirustüvede (HBV) molekulaarne tüpiseerimine). Tallinna Tehnikaülikool. Juhendajad: Lilian Järvekülg (TTÜ), Tatjana Tallo (TAI), Valentina Tefanova (TAI)
  • Irina Rešetnjak, magistrikraad (2011): Molecular epidemiology of hepatitis C virus in injection drug users in Estonia (C- hepatiidiviiruse molekulaarepidemioloogia süstivate narkomaanide seas Eestis). Tallinna Tehnikaülikool. Juhendajad: Valentina Tefanova (TAI), Tatjana Tallo (TAI), Lilian Järvekülg (TTÜ)
  • Olga Katargina, magistrikraad (2007): Hepatitis C virus: Genetic characterisation of NS5A region in chronically infected patients undergoing antiviral therapy. Tallinna Tehnikaülikool. Juhendajad: Valentina Tefanova (TAI), Tatjana Tallo (TAI), Mart Speek (TTÜ)

Praegu on viroloogiaosakonna uurimistöö baasil valmimas veel kaks doktoritööd:

  • Kairi Värv, „Ökoloogiliste faktorite mõju puukidega ülekantavate haigustekitajate levimusele Eestis“. Eeldatav kaitsmine: detsember 2018. Juhendajad: Lilian Järvekülg (TTÜ), Irina Golovljova (TAI)
  • Maria Vikentjeva, „Eestis ringlevate puukide ja puukidega ülekantavate haigusetekitajate omadused: puugiliigivaheline looduslik hübridiseerimine, puukide ja puukidega levivate haigusetekitajate vahelised seosed ning genoomsed meetodid puukide hübriidide määramiseks“. Eeldatav kaitsmine: 2021. Juhendajad: Andres Veske (TTÜ), Julia Geller ja Irina Golovljova (TAI)

Uurimistöös kasutavad meetodid ja seadmed

Uurimistöö täitmiseks on osakonnas kasutusel järgnevad metoodikad:

  • PCR
  • RT-PCR
  • PCR reaalajas (qPCR)
  • reverse-line blot (RLB)
  • fülogeneetiline analüüs (BioEdit, MEGA 7.0)
  • seroloogilised meetodid (ELISA, IF, immunoblot)

Laboris kasutatavad seadmed:

  • PCR termotsüklerid Applied Biosystems 2720 ning Eppendorf Mastergradient
  • qPCR (real-time PCR) Applied Biosystems 7500Fast
  • nukleiinhapete eraldamiseks robotiseeritud süsteem Thermo Scientific KingFisher 96
  • stereomikroskoop
  • fluorostsentsmikroskoop
  • erineva suurusega Biometra geelelektroforeesisüsteemid
  • ELISA plaatide loputusseade Wellwash ning spektrofotomeeter Multiscan
  • erineva suuruse ja mahutavusega tsentrifuugid, sealhulgas jahutusega
  • sügavkülmikud (kuni -80 °C) proovide säilimiseks
  • koepurustaja Reutsch MixerMill
  • autoklaav
  • laminaarkapid (klass BSL2+)